正式名称(チェコ語)はČeská republika(チェスカー・レプブリカ:チェコ共和国)。通称は、Česko(チェスコ)、またはČechy(チェヒ)。
英語での公式名称及び通称はCzech Republic(チェク・リパブリック)。チェコ外務省が1993年に提唱した通称に、ラテン語風のCzechia があるが、現在一般的に使われているとは言い難い。
日本語ではチェコ共和国(日本国外務省統一表記)。通称、チェコ。かつての外務省書類等ではチェッコという表記が使用された。なお、「チェッコ」という場合は、日中戦争期のチェコスロバキア製軽機関銃を指すこともある(→ブルーノZB26軽機関銃)。
かつて一つの国家であった「チェコスロバキア」の英語での綴りはCzechoslovakia である。これは1918年の建国時にチェコ民族とスロバキア民族による一つの国家として建国されたものであるが、日本では「チェコスロバキア」の短縮形として単に「チェコ」を使う場面もみられた。
チェコ共和国の国境が現在のようになったのは1993年になってのことである。 プラハを中心とした“Čechy”(チェヒ・ラテン名「ボヘミア」)、ブルノを中心とした“Morava”(ラテン名・モラヴィア)、さらにポーランド国境近くの“Slezsko”(シレジア)の3つの地方がチェコ共和国を形成している。
ボヘミア地方を示す「Čechy」(チェヒ)をチェコスロバキア建国の命名に採用しているが、もちろん国家にはモラヴィアもシレジアも入る。歴史的に、チェコ語におけるČechy、および英語のCzechでは、「ボヘミア地方」のみを指す文献もある。 そのため、チェコ共和国という国家としての表現を必要とする場合、「チェコ共和国」「Czech republic」「Česká republika」を用いるのが正確であり、世界的には一般的な考え方である。
現在、チェコ共和国内のメディアなどで見かける「Česko」は、チェコスロバキア時代の通称「Československo」から、形式上チェコにあたる部分を切り離した呼び名であり、チェコ共和国を指す。だが、新しい呼称のため、定着したといえるのは最近であり、公の場や正式な文章では用いられない。